Depuis sa création en 1986, la SLSA a conduit cinq autres projets qui sont maintenant terminés. Son projet pilote l’a conduit de 1987 à 1995, sous la direction de l’archéologue genevois Pierre Corboud, au Fujairah, l’un des Emirats arabes unis. Ce projet, initié par Kather Massaad, Suisse en activité dans les Emirats, avait pour objectif de rechercher et de conserver des sites et monuments préhistoriques et protohistoriques. Les résultats de ce projet ont été publiés dans un volume de la série de monographies « Terra Archaeologica ».

Le projet ethno-archéologique de la SLSA portant sur le Delta intérieur du Niger au Mali (de 1988 à 1995), sous la direction du Professeur genevois Alain Gallay, spécialiste de la préhistoire, a principalement étudié les traditions céramiques déjà menacées dans la région au-dessus de Tombonctou. Les données récoltées servent également à évaluer le matériel archéologique exhumé. Le responsable du projet a été assisté par Eric Huysecom, préhistorien belge, qui a dirigé par la suite le projet de la SLSA à Ounjougou (de 1997 jusqu’à aujourd’hui). Le rapport final a également été publié dans la série « Terra Archaeologica ».

La SLSA a réalisé en 1990/91 un petit projet dirigé par le Suisse-Américain Peter Bürgi dans les vallées de Torata au Pérou. Dans le cadre de la coopération pour le développement archéologique, celui-ci a recueilli du matériel sur la colonisation par les Incas du Sud du Pérou du 11ème au 14ème siècle après J.C. Le directeur du projet a publié les résultats en 1992 dans le cadre de son travail de doctorat. La SLSA a pour sa part publié le rapport préliminaire dans son rapport annuel de 1992.

De 1992 à 1999, la SLSA a encadré un projet dans la péninsule tchouktche à l’extrême Nord-Est de la Sibérie, sous la direction de Yvon Csonka. Des traces intéressantes de populations esquimaudes préhistoriques y ont été découvertes (de 500 avant J.C. à 1500 après J.C) . Les brisants de la mer de Béring ainsi que les fouilles illicites ont mis en péril le patrimoine national de la population autochtone. C’est la raison pour laquelle la SLSA s’est associée à un comité international pour la sauvegarde des sites et découvertes dans les régions frontalières du continent américain et asiatique. La première action sur le terrain n’a pu être réalisée qu’en 1995. En 1996, 1997, 1998 et 1999, d’autres actions ont été menées et décrites dans les rapports annuels concernés. En août 1998, la SLSA a organisé pour ses membres un voyage dans l’Ouest du Groenland que son responsable, le Prof. Hans-Georg Bandi, Dr. H.c., a relaté en détail dans le rapport annuel 1998. Le dernier article paru dans le rapport annuel 1999 est disponible sous forme de fichier PDF.

Enfin, la SLSA a dirigé en 1999 et en 2000 des fouilles de sauvetage archéologique dans l’Est de l’Himalaya. Le projet « Bathpalathang » a été dirigé dans le Royaume du Bhoutan par Reto Blumer, à l’époque collaborateur du secrétariat général de la SLSA. Les résultats de ces fouilles ont été publiés dans les rapports annuels 1998, 2000 et 2001. Les articles parus dans les rapports 2000 et 2001 dont disponibles sous forme de fichiers PDF. Malgré les efforts de la SLSA, il n’est pas possible de poursuivre ce projet. La SLSA est toutefois intéressée par le fait de continuer les travaux de recherche au Bhoutan et attache une grande importance à une collaboration avec Helvetas. Elle est en contact avec l’Ambassadeur suisse de l’Inde et du Bhoutan. Celui-ci a rendu en 2002 une visite officielle au gouvernement bhoutanais avec le Conseiller fédéral Josef Deiss. Le Bhoutan désire pour sa part que les archéologues locaux puissent être formés en Suisse. Un projet archéologique dirigé par un expert ainsi formé serait ensuite envisageable au Bhoutan en collaboration avec une institution suisse (SLSA/Helvetas).